Den äldsta delen av Ekeby kyrka är tornets nedre del, som ursprungligen hörde till en tidigare, romansk kyrka från 1100-talet på samma plats. Den romanska kyrkan revs i slutet av 1200-talet, i samband med att dagens kor och långhus uppfördes. Samtidigt byggdes det gamla tornet upp till nuvarande höjd. Sakristian tillkom 1923–25. Ekeby kyrka har restaurerats in- och utvändigt 1942–43, samt utvändigt 1971–72.
