Den västra hälften av nuvarande långhus utgörs av ett romanskt långhus från 1200-talets början. Tornet uppfördes senare under 1200-talet. Under 1300-talet påbörjades en aldrig slutförd ombyggnad av Eksta kyrka, där det gamla koret ersattes av ett nytt och högre med samma bredd som långhuset. Eksta kyrka byggdes om 1828–40, på ett sätt som är ovanligt för gotländska kyrkor; triumfbågsmuren och korets valv revs så att långhus och korparti blev ett enda rum, samtidigt som korets murar sänktes så att kor och långhus kunde ges ett gemensamt yttertak. Den gotiska korportalen flyttades något västerut, och nya större fönster togs upp. Den äldre sakristian på kyrkans norra sida revs, och en ny sakristia uppfördes i öster.
